Peynir, kökenleri insanlık kadar eskiye dayanan bir yiyecektir. Ne kadar eskiye dayandığına dair kesin bilgi olmasa da, olası çıkış noktaları Orta Asya, Orta Doğu ya da Avrupa olarak tahmin edilmektedir. Yaygınlaşmasının Roma İmparatorluğu zamanlarında olduğu düşünülür. İlk üretiminin M.Ö. 8000 (koyunun evcilleşitirildiği tarih) ile 9000 yılları arasında olduğu tahmin edilmektedir. İlk peynirin Orta Doğu insanları ve Orta Asya göçebe Türkleri tarafından yapıldığı düşünülmektedir. O zamanlar yiyecekler, hayvanın derisinde ya da iç organlarında saklanılmaktaydı. Bu iç organlardan olan midede (işkembe) saklanan sütün buradaki enzimlerle (kültürle) mayalanması üzerine lor haline gelmesi, peynirin ilk oluşumu hakkındaki teorilerden biridir. Bir Arap tüccarının da peynir saklanması hakkında farklı söylemleri vardır. Bir başka teori ise, peynir üretiminin sütü tuzlamak ve basınç altında tutmak sonucu olduğu üzerinedir. Hayvan midesinde bekletilen sütün değişimiyle birlikte bu karışıma kasıtlı olarak maya eklenmiş olabilir.
Peynir yapıcılığı ile ilgili ilk yazılı kaynak M.Ö. 2000'li yıllara, Mısır'daki mezar yazıtlarına dayanmaktadır. Antik zamanlarda yapılan peynirin ekşi ve tuzlu olduğu ve günümüz beyaz peynire benzediği tahmin edilmektedir. Avrupa'daki peynir üretiminde ise iklimden dolayı daha az tuz kullanılmaktadır. Daha az tuzlu ortamda daha çeşitli faydalı mikrop ve enzim yetişebilmektedir. Bu peynirler daha farklı tatlar içerir.
